En Europe, l'application de la Directive Cadre sur l'Eau et l'obligation de surveillance de nombreux plans d'eau entraînent une forte demande pour des systèmes performants de suivi de la qualité de l'eau. Un système de surveillance et d'alerte en temps réel pour les écosystèmes d'eau douce est présenté dans cet article. Une bouée autonome mesure à un pas de temps de 30 minutes les variables météorologiques et de qualité de l'eau (O2, chlorophyllea, température, conductivité et pH). Les mesures sont transmises par GPRS vers une base de données permettant le suivi en temps réel des conditions du plan d'eau. Une variante du système mise en oeuvre sur un petit lac urbain d'Ile de France est présentée. L'analyse des séries de données et les indicateurs qui en sont issus sont exposés. Ces données permettent également d'alimenter un modèle hydrodynamique couplé à un modèle écologique. Les résultats obtenus pour le lac d'Enghien, fréquemment touché par des efflorescences des cyanobactéries potentiellement toxiques sont présentés.